MEGA软件——系统发育树构建方式(图文讲解) 转载

转载:http://www.plob.org/2012/12/02/4927.html

一、序列文件的备

构树之前先行以对象基因序列都各自保存也txt文本文件被(或者将具有序列封存在同一个txt文本中,可以为此“>基因名称”作为第一执行,然后重起一行
编制基因序列),序列只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母)。文件称名可以就您的想法随意编辑。

二、序列导入到Mega
5软件

(1)打开Mega 5软件,界面如下

(2)导入需要构建系统发育树的目的序列

OK

挑分析序列类型(如果是DNA序列,点击DNA,如果是蛋白序列,点击Protein)

起新的对话框,创建新的Bootstrap数据文件

选择序列类型

导入序列

导入序列成功。

(3)序列比对分析

点击工具栏中“W”工具,进行比对分析,比对结束后去两端不可知完全对齐碱基

(4)系统发育分析

关闭窗口,选择保存文件路径,自定义文件名称

老三、系统发育树构建

据悉不同分析目的,选择相应的辨析算法,本例子以N—J算法为例

Bootstrap 选择1000,点击Compute,开始盘算

算算截止后,生成系统发育树。

基于不同目的,导出分析结果,进行简易的梳洗,保存

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