MEGA软件——系统发育树构建情势(图文讲解) 转发

转载:http://www.plob.org/2012/12/02/4927.html

一、序列文本的预备

构树以前先将对象基因序列都分别保存为txt文本文件中(或者把拥有序列保留在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行,然后重起一行
编纂基因序列),序列只包含序列字母(ATCG或膳食纤维简写字母)。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。

Bootstrap 1

Bootstrap 2

二、序列导入到Mega
5软件

(1)打开梅格(Meg)a 5软件,界面如下

Bootstrap 3

(2)导入需求构建系统发育树的目标序列

Bootstrap 4

Bootstrap 5

OK

挑选分析序列类型(如果是DNA序列,点击DNA,要是是蛋白序列,点击Protein)

Bootstrap 6

并发新的对话框,创立新的数据文件

Bootstrap 7

选择序列类型

Bootstrap 8

导入连串

Bootstrap 9

Bootstrap 10

Bootstrap 11

导入连串成功。

(3)连串比对分析

Bootstrap 12

点击工具栏中“W”工具,举办比对分析,比对为止后去除两端不能完全对齐碱基

Bootstrap 13

(4)系统发育分析

Bootstrap 14

关门窗口,拔取保存文件路径,自定义文件名称

Bootstrap 15

Bootstrap,三、系统发育树构建

Bootstrap 16

据悉分化分析目的,选用相应的分析算法,本例子以N—J算法为例

Bootstrap 17

Bootstrap 选用1000,点击Compute,起始盘算

Bootstrap 18

计量停止后,生成系统发育树。

Bootstrap 19

按照差距目标,导出分析结果,举行简短的修饰,保存

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